D. Afonso III (Coimbra, 5 de Maio de 1210 – id., 16 de Fevereiro de 1279), cognominado O Bolonhês por ter sido casado com a condessa Matilde II de Bolonha, foi o quinto Rei de Portugal. Afonso III era o segundo filho do rei Afonso II e de sua mulher Urraca de Castela, e sucedeu a seu irmão Sancho II em 1248.
Estatua de D.Afonso III em Faro
Este foi o homem que conquistou faro aos mouros .
A cidade de Santa Maria de Faaron é tomada, no ano de 1249, pelas tropas de D. Afonso III, que lhe viria a conceder duas cartas de Foral. A primeira, em 1266 e a segunda, destinada aos Mouros residentes, em 1269.
Não se sabe ao certo se a conquista de Faaron teve um carácter violento ou negociado. Há no entanto notícias de que são executadas obras de reparação no castelo e em alguns panos arruinados da muralha.
Os portugueses vão estabelecer a sua cidade na Vila-a-Dentro, cuja estrutura mantém os seus aspectos fundamentais, apesar de uma simplificação no traçado das vias secundárias, à semelhança de outros aglomerados urbanos da época.
A mesquita é "purificada" e adaptada, provisoriamente, a igreja, após o que sofre obras de reconstrução, dando lugar, em 1277, à Igreja de Santa Maria.
Sobre a Porta da Vila surge a Capela de Nossa Senhora de Entrambalas Águas, mais tarde de Nossa Senhora do Ó, quem sabe se no local onde anteriormente fora colocada a imagem de Santa Maria.
No sítio da actual implantação do edifício da Câmara Municipal de Faro, foram construidas as Casas da Câmara, edificação em forma de "L", com escadaria exterior.
Extramuros, processa-se uma considerável expansão do tecido edificado motivada pela criação dos bairros da Mouraria e da Judiaria, situados, respectivamente, a norte e sul da Rua de Santo António. A Mouraria ocupava a área definida pelo quarteirão que hoje integra o cinema Santo António, constituindo uma importante zona de hortas. A Judiaria, situada a sul, confinava com a Alagoa e continha ainda no século XIX duas sinagogas.
Ao cimo da Rua de Santo António do Alto, no local da Praça da Liberdade, ficavam as Alcassarias, principal mercado da cidade, explorado por essas duas comunidades.
A Ribeira, bairro muito ligado às actividades da pesca e da construção naval, desenvolveu-se no sentido nascente, e continha provavelmente uma igreja.
A principal artéria comercial e industrial era a Rua da Sapataria, actuais Ruas 1º de Dezembro e Tenente Valadim. A actividade portuária desenvolvia-se no local onde hoje se encontra a doca e a Praça D. Francisco Gomes, dispondo de um cais acostável, junto às muralhas da Vila-a-Dentro.
O sistema defensivo de Faro era completado com duas torres de atalaia - o Alto da Atalaia, situado no cimo da actual Rua da Boavista e Santo António do Alto, no local onde ainda hoje existe uma torre.
No final deste período os arrabaldes integram-se na orgânica da cidade, deixando de constituir áreas marginais. Inicia-se um processo de estruturação global com base na articulação de vários elementos da composição urbana, como os eixos viários, as massas edificadas e os condicionamentos naturais - hortas e canais.
